По словам Грефа, это федеральное агентство будет заниматься выработкой государственных требований к открывающимся пунктам пропуска, их эксплуатации и содержанию. Также предполагается, что оно будет балансодержателем всех пунктов пропуска. Как отметил министр, таможня и пограничники пунктов пропуска останутся, но не будут выполнять функции хозяйствующего субъекта. По предложению Федеральной пограничной службы и Федеральной службы безопасности данное агентство будет находиться в подчинении МЭРТ.
10 апреля на совещании с членами правительства президент Владимир Путин потребовал навести порядок на пунктах пропуска на границе. "Когда прекратим практику, согласно которой таможенные органы и представители бизнес-структур сливаются там в экономическом экстазе на подавляющем большинстве пунктов перехода?" - заявил глава государства. В ответ на слова Грефа, что порядок планируется навести за два года, президент сказал, что это "долго". На замечание Грефа, что "быстрее не сделать", Путин заявил: "Сделаем, ведь вы же представляете себе ущерб и масштаб потерь для экономики страны, он же огромный, просто колоссальный".
Между тем 12 апреля стало известно, что Федеральная служба безопасности России приступила к установке пограничных зон в республиках и регионах, входящих в Южный федеральный округ. Представители Пограничной службы ФСБ пояснили, что это делается в рамках вступивших в силу с нового года поправок в закон о государственной границе. Данные поправки лишают администрации субъектов Федерации полномочий самостоятельно устанавливать размеры пограничной зоны и правила пограничного режима – эти полномочия перешли к ФСБ. Как отмечает "Российская газета", в настоящий момент к подписанию готовится пакет документов о пограничных зонах в регионах Дальневосточного федерального округа. Проекты приказов ФСБ по остальным федеральным округам находятся в разработке.