В результате следствие пришло к выводу, что Вавилов, занимавший тогда пост первого заместителя министра финансов, совершил хищение и злоупотреблял служебным положением. Однако дело Вавилова с его согласия прекращено в связи с истечением десятилетнего срока давности привлечения к уголовной ответственности по тем статьям, которые вменяются сенатору.
Как отмечает "Коммерсант", дача Вавиловым согласия на прекращение в отношении него уголовного дела "по нереабилитирующим основаниям" не означает признания им своей вины. Тем не менее сенатор, скорее всего, не будет обжаловать постановление следствия, в котором говорится, что вина Вавилова в мошенничестве в особо крупных размерах, а также в злоупотреблении служебным положеним "полностью доказана".
В материалах следствия сообщается, что в 1997 году Вавилов организовал выделение из бюджета кредита в размере 231 миллиона долларов МАПО "МиГ" якобы для производства самолетов МиГ-29. Однако соглашение с Индией о поставке истребителей, заключенное в 1992 году, к тому времени уже перестало выполняться, а эта сумма в результате сложной финансовой схемы попала на счета подставных компаний в оффшорной зоне Антигуа и Латвии.
Андрей Вавилов продолжает оставаться действующим членом Совета Федерации, так как следственные органы не настаивают на отставке сенатора в связи с официальным признанием его вины. Похищенная сумма также не будет взыскана с сенатора. С 1999 года эти деньги считались долгом МАПО "МиГ" и созданной на его базе РСК "МиГ", однако в 2005 году решением правительства России этот долг был списан с предприятия.